1.办公室（党委组织宣传部）。承担党委组织宣传部日常工作。承担办公综合、财务、科技、干部人事、教育培训、安全保卫、后勤保障等工作。

2.法制内控科。承担法制审核、法治宣传、知识产权案件和“两简”案件办理、海关统计、执法评估、风险管理和内部控制等工作。

3.综合业务科。承担通关业务（报关单修撤、部分必要手续的报关单审核、检验检疫纸质单证审核和签证、税款担保、暂时进出境、理单和档案管理等）、税收征管、原产地签证等工作；承担企业资质管理和信用管理、保税监管等工作；承办行政审批“一个窗口”相关工作。

4.黄冈现场业务科。承担黄冈市的各项海关业务。

5.查检科。承担进出境运输工具、货物、物品和人员的监管工作；承担海关监管作业场所管理、运输企业及运输工具管理、进口目的地检验、出口产地／组货地检验检疫等工作。

6.稽查科。承担企业稽查、核查工作；承担贸易调查、市场调查等工作。

7.棋盘洲综保区监管科。承担黄石棋盘洲综合保税区管理工作，承担跨境电商、保税监管等海关业务。